Со второй половины 60-х годов XIX века военные действия полностью перешли на территорию государств Средней Азии — Хивы, Коканда и Бухары. После серии поражений Коканд практически перестал существовать. Весной 1866 года русские войска завоевали значительную часть территории Бухарского эмирата. Впоследствии эти территории вошли в состав Туркестанского генерал-губернаторства. Казахи, которые жили на севере Бухарского эмирата, вместе с узбеками признали власть Российского государства. В 1873 году российский военный экспедиционный корпус занял и столицу Хивинского ханства.